根據以上規定，個人名下的商業用房轉讓的計算扣除三種方式：
1、按評估價格，建筑物按重置成本*成新率 土地價格(有票)，若土地成本沒票，則評估價格=建筑物評估價格(建筑物按重置成本*成新率)，即土地成本不能扣除;
2、沒評估價，有發票的，按發票金額 發票金額*5%*年數(不足半年按半年算，夠半年不足一年按一年算)。
3、既無評估價格又無發票的可以核定征收，具體比例由當地主管稅務機關根據市場情況核定。
但現實業務中核定征收的情況非常有限。
4、個人所得稅：按財產轉讓所得，即(收入-可扣除成本費用-稅金)*20%
(二)舉例：
李先生2018年在省會城市購商鋪1000平米，此商鋪為老項目，含稅單價3.15萬元/平米，繳納契稅90萬元，發生裝修成本50萬元，于2020年7月份出售，含稅價格為3.675萬元/平米，支付過戶費5000元，計算李先生在轉讓商品過程中應交的各項稅金。
李先生應繳納的各項稅費如下：
1、增值稅：(3.675-3.15)/1.05*1000平米*5%=500*5%=25萬元
2、城建稅：25*7%=1.75萬元
3、教育及地方教育附加：25*(3% 2%)=1.25萬元
4、印花稅：3675*5/10000=1.84萬元
5、土地增值稅：
扣除金額=(1000*3.15/1.05 90 50 1.75 1.25 0.50 1.84)=3145.34萬元
增值額=3.675/1.05*1000-3145.34=354.66萬元
增值率=354.66/3145.34*100%=11.28%
適用30%稅率，土地增值稅=354.66*30%=106.40萬元
6、個人所得稅
所得額=3.675/1.05*1000-(3145.34 106.40)=248.26萬元
應交個人所得稅=248.26*20%=49.65萬元
李先生應繳納各項稅費合計：25 1.75 1.25 1.84 106.40 49.65=185.89萬元
總結：
李先生投資3290萬元，盈利3675-3290-0.5=384.50元，所交稅金為185.89萬元，占利潤比：185.89/384.5*100%=48.35%，接近利潤的一半，稅負非常重。
(三)稅款繳納與發票開具
個人名下的商業用房轉讓在不動產坐落地主管稅務機關繳納各項稅費。
根據稅總函[2016]145號文件，《國家稅務總局關于營業稅改征增值稅委托地稅局代征稅款和代開增值稅發票的通知》第二條第(四)款，增值稅小規模納稅人銷售其取得的不動產以及其他個人出租不動產，購買方或承租方不屬于其他個人的，納稅人繳納增值稅后可以向地稅局申請代開增值稅專用發票。個人屬于小規模納稅人，購買方非自然人的可以代開專用發票。全國稅務機關納稅服務規范3.0版明確規定，其他個人銷售其取得的不動產和出租不動產，購買方或承租方不屬于其他個人的，納稅人繳納增值稅等稅費后可以向不動產所在地主管稅務機關申請代開增值稅專用發票。
